IFSM je član od 1976. godine.
Međunarodnu federaciju društava za mikroskopiju stvorio je ICSU 1951. godine kao Zajednička komisija za elektronsku mikroskopiju. Postala je nezavisna federacija, sa ciljem unapređenja međunarodne saradnje između mikroskopista, 1955. godine. Federacija ima tri regionalna komiteta, 38 nacionalnih društava članica i 6 nacionalnih pridruženih društava članica.
